红豆杉茎腐病是红豆杉扦插苗生长期危害最重的病害之一。
红豆杉扦插2个月后扦插苗茎基部(插穗地下与地上部交界处)陆续发生茎腐病，由开始个别株致病而后扩展成整簇致病，导致穗条叶片失绿、枯死和脱落。由于该病主要发生在夏秋高温季节，扦插苗受高土温的损伤而为病菌侵入提供了条件，其病害的发生和流行主要取决于7～8 月份气温，若发病较早，苗木抗热能力弱，其发病则重。
防治措施
一、即于夏秋间降低苗床土壤表层温度，防止灼伤苗木茎基部，以免造成伤口导致病菌侵入;
二、增施肥料，以促进扦插苗生长和增强其抗病能力。
三、采用五氯硝基苯粉剂+敌克松粉剂以5g/ kg浓度混合兑水浇灌，其防治效果最佳达89% ，或用多菌灵+ 甲基托布津可湿性粉剂以4g/ kg浓度混合兑水浇灌，其防治效果达83%。
四、大面积防治该病以上述2 种方法交替应用, 可基本控制扦插苗茎腐病的发生
